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​Kiss×sis la historia comienza con Keita Suminoe, un joven estudiante de tercer año de secundaria preparándose para los exámenes de admisión para entrar a la preparatoria. Él vive con sus dos hermanastras gemelas mayores, Ako y Riko, quienes lo acosan de distintas maneras posibles, hasta llegar al punto de mostrar su amor por él en público. A pesar de no compartir lazos sanguíneos con él, él las ve como hermanas. Estas le ayudan a prepararse para los exámenes de admisión. Al principio, a él le molesta el acoso proporcionado por parte de ellas, pero, poco a poco, se va acostumbrando y se va sintiendo atraído por ellas. Sus padres lo animan para que escoja a alguna de las dos para que sea su pareja, llegando a casarse con alguna de ellas.