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Black Rock Shooter comienza en el inicio del año escolar en el mes de abril. En su primer día de escuela secundaria, Mato Kuroi, se hace amiga de una chica llamada Yomi Takanashi quien recientemente se mudó a la ciudad. Mato, rápidamente se une al club de baloncesto, que incita a Yomi a unirse al club de voleibol ya que ambos clubes se practican al mismo tiempo en el gimnasio. Las dos pasan mucho tiempo juntas durante el año siguiente, y en una salida Mato le regala a Yomi un colgante para el móvil. En su segundo año de secundaria, acaban en clases diferentes, lo que reduce la cantidad de tiempo que pueden pasar juntas. Por otra parte, Yomi comienza a sentir celos de Yuu, secretaria del club de baloncesto que sí quedó en la clase de Mato y ese año comenzaron a compartir más.